化學消泡是指向發酵液中流加一定量的消泡劑，利用消泡劑的特殊性質消除泡沫的方法。一切能破壞泡沫穩定存在因素的化學試劑都可以作為消泡劑。消泡劑的化學結構和性質不同，消泡的機理也不同。化學消泡的機理通常有以下幾種:

(1)降低泡沫的機械強度。當泡沫表面存在極性的雙電層時，可以加一種帶有相反電荷的表面活性劑，消除這種雙電層，以降低泡沫的機械強度。

(2)降低液膜表面粘度。當泡沫的液膜具有較大的表面粘度時，可以加入分子內聚力較小的物質，以降低液膜的表面粘度，從而使泡沫的液膜中的液體流失，導致泡沫破裂，達到消泡的目的。