在深層液體發酵過程中，由于通風和攪拌的原因，加之培養基中的糖、蛋白質和代謝產物等穩定泡沫的物質存在，使發酵過程中產生一定的泡沫，這是正常現象。但是，如果泡沫過多，特別是通風量較大的發酵，在菌體生長期和產物合成期，泡沫更為嚴重，給發酵帶來許多不利的影響。這些不利因素包括:

(1)使反應器的裝填系數減少。正常的發酵罐裝料系數在60-70%，余下的空間就是為了容納泡沫，這一個空間也只能夠容納培養基中10%的發泡物質產生的泡沫。對于許多酶制劑的發酵，發酵罐的裝料系數更少，只有50%左右。降低了發酵罐的裝料系數，就意味著設備利用率降低，生產成本升高。

(2)造成大量逃液，導致產物的損失。大量的泡沫出現，必然引起逃液，逃液就意味著發酵液的損失，這不斷增加了感染抗菌素的機會，而且也降低了產率。

(3)泡沫“頂罐”有可能使培養基從攪拌的軸封滲出，增加了染菌的機會。大量的泡沫可以從攪拌軸軸封處逃逸，也可隨著尾氣一起排出到大氣中，這就使得發酵罐的環境、工廠周圍有了大量的活菌體，這些活的菌體存在于環境中，就增加了環境中的抗菌素的濃度，根據對數殘留定律，增加了染菌的機會。

(4)增加了發酵過程中微生物群體的不均一性。由于泡沫造成的液位的變動，以及處于不同的生長狀態的微生物隨著泡沫的飄浮可能粘在罐壁上，使菌體的生長環境發生了變化，有的分化、有的瓦解，影響了菌群的整體性，不利于發酵的控制。

(5)影響了攪拌的正常進行，妨礙了微生物的呼吸。過多的泡沫產生有可能會引起攪拌槳的空轉，影響攪拌的正常進行。