機械消泡是通過機械力所引起的強烈震動或者壓力的不斷變化，促使泡沫破裂，以達到消泡的目的。理想的生物反應器應該具有優化的系統，在完成氣體及微生物分散的同時，盡量的減少能耗以及對發酵過程的影響，而機械消泡裝置設計的出發點就是通過增加一些簡單的設備，消耗很少的能量，來完成消泡的目的。

機械消泡不需要或者少量再向生物反應器中加入化學消泡劑，這樣就可以節省原材料，減少染菌的機會，并且降低了培養液的復雜性，這有利于后期有效物質的處理和提取。機械消泡裝置可以重復使用，使用過程中耗能也比較少，像耙式消泡槳，只是將消泡槳裝在攪拌軸上，不需要引進新的動力裝置。