泡沫通常是由氣液接觸而產生，一般在純溶劑的液體中由通氣而導致起泡的持續時間很短，所以不需要外加消泡手段。但當溶劑中有一種或一種以上的表面活性劑存在，泡沫的持續時間就會較長。生物發酵很多情況下都是好氧發酵，所以通氣是必不可少的環節，因為發酵培養基本身就含有許多表面活性物質，比如表面活性蛋白類、油類(磷酸鹽、脂肪胺鹽等)、脂肪酸、酯類、聚二乙醇和硅氧烷、醇類、亞硫酸鹽和磺酸鹽等。再加上發酵過程中菌種又會產生一些表面活性物質，從而導致生物發酵的泡沫相當多。雖然氣泡在溶液中的活動可以增加溶液的溶氧，為菌體提供足夠的氧氣，但是這些氣泡浮出液面后會因表面活性劑的作用而難以自身破滅，積聚增多后就會導致包括上述問題在內的多種危害，所以需增加額外的消泡手段來維持發酵過程的正常進行，比如添加化學消泡劑或安裝機械消泡器等。